После провала вторжения Шао Кана в Земной мир, Рейден уничтожает Кана, выстрелив в него молнией, когда тот пытался сбежать через портал. В то же время, на Земле, Супермен уничтожает злодея Дарксайда, выстрелив в него лазером из глаз, когда апоколиптянин пытался бежать домой посредством телепортатора. Так как это происходит одновременно в обоих мирах, оба злодея оказываются слиты в единое сверх существо под названием Дарк Кан, который начинает сливать вселенные Mortal Kombat и DC Universe.

Из-за этого катаклизма, способности персонажей теряют стабильность. Многие персонажи начинают испытывать «ярость», заставляя их нападать на любого другого персонажа вблизи. Из-за этого, некоторые персонажи либо становятся сильнее либо слабее (что делает Супермена уязвимым для магии из другого мира; тогда как заземлённый костюм Бэтмена позволяет ему биться с Рейденом). Персонажи каждого мира считают что другие персонажи являются членами армии вторжения. После финальной битвы, в боеспособном состоянии остаются лишь двое: Супермен и Рейден. Они начинают поединок, тогда как Дарк Кан питается их яростью. Каждый вдруг понимает что другой не работает на Дарк Кана и побеждают свою ярость чтобы уничтожить своего врага, восстанавливая оба мира. Но вот проблема, Шао Кан каким-то образом остался на Земле, а Дарксайд — в мире Mortal Kombat. Несмотря на то что они остались бессильны в мирах отличных от своих, герои решили упрятать императоров от греха подальше: Супермен заточил Шао Кана в Фантомную зону, а Рейден Дарксайда — в Нижний мир.

-Игра о культовом персонаже комиксов, любимом во всем мире, Человеке-Пауке — впервые на русском языке!
-Самая передовая на сегодняшний день графика Next Gen
-Впервые игрокам предлагается попробовать уникальные способности черного костюма Человека-Паука
-Широчайшие возможности по исследованию огромного виртуального города.